壽山國家自然公園園區內因具獨特的珊瑚礁植被及多樣性的動物資源，加上壽山及龜山早期因長期軍事管制，多樣性自然資源保存完整，擁有豐富的動植物資源。根據調查已知的植物約有917 種、鳥類137 種、哺乳類16種、爬蟲類 22 種，還有無數的昆蟲及其他動物，為一座自然寶庫，更是絕佳的自然教育與自然科學研究基地。